Garant du maintien de la qualité et de la diversité des exposants lors des Journées des Plantes, les Comités de Sélection attribuent le Grand Prix du Domaine de Chantilly et le Prix Autour du Jardin. Le Grand Prix Domaine de Chantilly est attribué à un exposant « pépiniériste » pour son savoir-faire, la qualité des plantes présentées et leur mise en scène. Le Prix Autour du Jardin est attribué à un exposant « Autour du Jardin » » qui s’inscrit parfaitement dans un univers thématique que le Comité souhaite mettre en lumière et récompenser, si possible en lien avec le thème de l’édition.
Créé en 1989, il est constitué de plusieurs grands jardiniers venus de toute l'Europe. Il est unique et indépendant et attribue à chaque exposition les Mérites, Recommandations et Certificats Botaniques à des plantes remarquables.
Le prix du Thème est attribué à un exposant pour sa mise en scène illustrant le thème de l'édition.
Le Prix des Collections est attribué à un exposant "pépiniériste" pour la présentation d'une "collection de plantes" - un Patrimoine Végétal Vivant - d'un même genre ou d'une même espèce, la plus riche et la plus diverse possible. Il est décerné par le Jury du CCVS (Conservatoire français des Collections Végétales Spécialisées)
Le Prix de la Botanique est attribué à un exposant "pépiniériste", lié à l'intérêt scientifique des végétaux, pour la richesse et la qualité botanique présentée à travers un grand nombre d'espèces différentes, participant à la sauvegarde et à l'enrichissement du patrimoine végétal. Il est décerné par le Jury de l’APBF (Association des Parcs Botaniques de France)
Le Prix de la Presse est attribué à un exposant "pépiniériste" pour une démarche ou une présentation qui puisse faire l'objet d'une communication dans les médias.